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下载拓扑文件top_all27_lipid.inp

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NAMD教學二十：拓撲文件 - Chiustin

2014年12月9日 几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具文/Sobereva@北京科音First release ：2014-Dec-9 Last 出现额外的原子类型，需要再手工处理（需要引入额外的力 场文件，但是笔者发现在网上下载不到）。 附上我的inp文件 2019年4月28日 在官网中可以下载到Gromacs最新及历史版本的软件程序以及安装说明， 当 pdb2gmx 程序被执行以生成分子拓扑文件的时候，它同时将结构  几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具文/Sobereva @北京科 下载。使用前必须在机子里安装AmberTools（免费），acpype会调用其中  各個拓撲文件分別命名為top_all22_prot_cmap.inp、top_all27_lipid.rtf和top_all27_na.rtf。為了在混合系統 的文件。 CHARMM31版本可從MacKerell網站下載： 几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具文/Sobereva@北京科音First release：2014-Dec-9 Last 出现额外的原子类型，需要再手工处理（需要引入额外的力场文件，但是笔者发现在网上下载不到）。 附上我的inp文件 其PDB文件可在这里下载. 当将PDB文件上传到服务器后, 会执行下面的命令: tppmktop -i file.pdb -f OPLS-  点击 Save .top File 即可下载生成的拓扑文件. 如果你要使用拓扑文件中的电荷, 一个判断拓扑文件好坏的简单标准就是看整个分子的净电荷 qtot 

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新建三个pdb文件a1.pdb, a2.pdb, a3.pdb，将三条链的数据从a.pdb分别拷贝到三个pdb文件.这里不需要修改残基的编号。 运行代码： package require psfgen topology top_all27_prot_lipid.inp pdbalias residue *** *** segment U {pdba1.pdb} segment V {pdba2.pdb} segment W {pdb a3.pdb} coordpdb a1.pdb U coordpdb a2.pdb V Auto-Psf builder 它可以自动为已知的 pdb 文件生成 psf 文件（自动添加 H） ，但需要已知 pdb 文件 中所有残基的 top 文件，top 文件的格式为 charmm。 操作步骤： 在 Vmd 的主菜单下选择 File – new molecule – browse 选项，从窗口中选择 pdb 文件 注意：vmd 不能识别中文目录 CHARMM (Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics) A molecular simulation program with broad application to many-particle systems with a comprehensive set of energy functions, a variety of enhanced sampling methods, and support for multi-scale techniques including QM/MM, MM/CG, and a range of implicit solvent models. . 在对建立的三氯甲烷盒子跑平衡时，出现了“没有原子1 5 4角度参数”的问题，但是在topper文件里面是有这个的，而且psf文件里也有的，请问大神这是因为什么，怎么修改继续跑 ,计算化学公社 利用轨迹文件dcd求group1 和 group2 间的相互作用。 如果一个蛋白有9个residue而我们要计算两两间的相互作用，编写一个脚本是很有必要的。[ol] #force.tcl; #calculate pair interaction between residues; mol load psf ionized_sphere.psf pdb ionized_sphere.pdb; set all [atomselect top all]

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其PDB文件可在这里下载. 当将PDB文件上传到服务器后, 会执行下面的命令: tppmktop -i file.pdb -f OPLS-  点击 Save .top File 即可下载生成的拓扑文件. 如果你要使用拓扑文件中的电荷, 一个判断拓扑文件好坏的简单标准就是看整个分子的净电荷 qtot 

CGenFF产生小分子Charmm力场拓扑文件- 简书

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2019年4月28日 在官网中可以下载到Gromacs最新及历史版本的软件程序以及安装说明， 当 pdb2gmx 程序被执行以生成分子拓扑文件的时候，它同时将结构  几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具文/Sobereva @北京科 下载。使用前必须在机子里安装AmberTools（免费），acpype会调用其中  各個拓撲文件分別命名為top_all22_prot_cmap.inp、top_all27_lipid.rtf和top_all27_na.rtf。為了在混合系統 的文件。 CHARMM31版本可從MacKerell網站下載： 几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具文/Sobereva@北京科音First release：2014-Dec-9 Last 出现额外的原子类型，需要再手工处理（需要引入额外的力场文件，但是笔者发现在网上下载不到）。 附上我的inp文件 其PDB文件可在这里下载. 当将PDB文件上传到服务器后, 会执行下面的命令: tppmktop -i file.pdb -f OPLS-  点击 Save .top File 即可下载生成的拓扑文件. 如果你要使用拓扑文件中的电荷, 一个判断拓扑文件好坏的简单标准就是看整个分子的净电荷 qtot 

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NAMD自学笔记一、NAMD中psf文件的生成最近需要用到NAMD做一些分子模拟，主要是自己的蛋白结构的动力学模拟。当时看了NAMD官网上的tutorial，但还是有些东西不是很清楚，经过多次尝试和请教本站的大侠们终于有所认识，在此将一些目前教程中没有涉及的内容整理一下，期望给广大象我这样的初学者以 2015年6月8日 几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具文/Sobereva @北京科 下载。使用 前必须在机子里安装AmberTools（免费），acpype会调用其中  2015年12月13日 其PDB文件可在这里下载. 当将PDB文件上传到服务器后, 会执行下面的命令: tppmktop -i file.pdb -f OPLS-  2017年6月29日 点击 Save .top File 即可下载生成的拓扑文件. 如果你要使用拓扑文件中的电荷, 一个 判断拓扑文件好坏的简单标准就是看整个分子的净电荷 qtot  2014年12月9日 几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具文/Sobereva@北京科音First release ：2014-Dec-9 Last 出现额外的原子类型，需要再手工处理（需要引入额外的力 场文件，但是笔者发现在网上下载不到）。 附上我的inp文件 2019年4月28日 在官网中可以下载到Gromacs最新及历史版本的软件程序以及安装说明， 当 pdb2gmx 程序被执行以生成分子拓扑文件的时候，它同时将结构 

水分子和离子等小分子的拓扑文件在gromacs的立场里面都有，可直接调用。 3. 参数文件：. 一般在gromacs tutorial中都可以直接下载（后缀为mdp 

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